Esta no es una respuesta particularmente útil, pero parece, tanto por las conversaciones en Internet como por la evidencia anecdótica (como mi propio iPhone), que todo el mecanismo de actualización es un poco inconsistente en la actualidad.
Tengo aplicaciones que se han actualizado y nunca se han abierto que sí tienen el punto, tengo aplicaciones que se han actualizado y no se han abierto desde entonces que no tienen el punto azul. A veces el número de aplicaciones que se muestra que necesitan una actualización no coincide con lo que dice la App Store cuando la visitas. A veces dice que todas las aplicaciones están actualizadas cuando se puede encontrar fácilmente una actualización cuando se busca manualmente en un título (por ejemplo, Facebook y Twitter ambos mostraron como actual a pesar de que sabía que se han actualizado a iOS7, la caza de las aplicaciones directamente en la tienda y la selección de Abrir en lugar de una actualización).
Creo que lo mejor que puedo decir es que hay problemas, pero son difíciles de rastrear, no son los mismos para todos, y ni siquiera son consistentemente los mismos a través de un dispositivo único específico. Sin embargo, vale la pena hacer la pregunta, tal vez alguien con más conocimientos pueda rastrear algún informe de error formal o similar que indique que se trata de un problema más amplio que se ha reportado o que se está estudiando. Por ahora, hay que esperar a lo que se incluya en la próxima actualización del sistema operativo.
(P.D., aunque esto no responde a tu pregunta, creo que vale la pena poner algo para demostrar que se le ha prestado atención y así evitar que se repitan las respuestas y las preguntas.)