Pasé por esto cuando conseguí mi iPad. Mi aplicación asesina son pdfs en color con figuras bonitas. Probé GoodReader, iBooks, Stanza, y otro que no puedo recordar ahora. También quería: pantalla completa sin bordes, "tap to turn", cambios rápidos de página sin importar el tamaño del archivo, y la posibilidad de pasar de una página a otra. Me decidí por Stanza, ya que tiene esas características y parece integrarse con Dropbox de manera razonable.
Mi prueba de fuego para el tamaño del archivo fue un escaneo de 300dpi de Información de Visión de Tufte (llegó a casi 450MB?) Fue bastante utilizable con rápidos cambios de página. Se bloqueaba de vez en cuando, pero otros lectores ni siquiera lo cargaban.
La actuación de Stanza parece ser buena. Sólo lo he probado con PDFs brutales, para ser honesto, pero lo uso casi a diario.
Mi flujo de trabajo es el siguiente: leer rss de PubMed/sitios con filtros. Leer resumen. Si me gusta, ponlo en Dropbox/papeles. Luego, antes de salir del trabajo/hogar, sincroniza los archivos en Dropbox. Lee en el tren/en el ocio. Hago notas en SimpleNote. No me gustan las anotaciones en PDF porque generalmente no son estándar y son más fáciles de perder/malgas.
¡Espero que ayude!