Se denegó el acceso de lectura de archivos al archivo que poseo y tengo permisos completos de lectura/escritura.

No estoy seguro si este es el mismo problema que tuve, pero de vez en cuando TextEdit (y no cualquier otra aplicación) empezaba a mostrar un diálogo como este cuando intentaba abrir cualquier archivo:

El documento "test.txt" no pudo ser abierto. No tienes permiso.

Para ver o cambiar permisos, selecciona el ítem en el Finder y elige Archivo > Obtener información.

Había mensajes como este en system.log:

9/13/12 10:41:42.952 PM sandboxd[21081]: ([357]) TextEdit(357) deny file-read-data /Users/lauri/Desktop/test.txt
9/13/12 10:41:55.118 PM TextEdit[357]: NSFileVersion tried to tried to add a new generation and failed. Versioned file URL: file://localhost/Users/lauri/Notes/test.txt, contents URL: file://localhost/Users/lauri/Notes/test.txt.sb-de6477ff-BhVNrq, error: Error Domain=GSLibraryErrorDomain Code=1 "The operation couldn’t be completed. (GSLibraryErrorDomain error 1.)"
9/13/12 10:41:55.118 PM TextEdit[357]: NSDocument failed to preserve the old version of a document. Here's the error:
Error Domain=GSLibraryErrorDomain Code=1 "The operation couldn’t be completed. (GSLibraryErrorDomain error 1.)"
9/13/12 10:41:55.119 PM TextEdit[357]: : An error occurred while attempting to preserve the backup file at file://localhost/Users/lauri/Notes/test.txt.sb-de6477ff-BhVNrq: Error Domain=GSLibraryErrorDomain Code=1 "The operation couldn’t be completed. (GSLibraryErrorDomain error 1.)"

Pude abrir archivos normalmente después de cerrar y volver a abrir TextEdit.

No he vuelto a ver esos diálogos después de reemplazar TextEdit con TextEditPlus, que básicamente es un fork no sandboxed de TextEdit.

Salga, no simplemente cierre, sino que salga de TextEdit. Cuando TextEdit se vuelva a abrir, "recordará" quién es usted.

Cuando Text Edit tenga el Menú Principal Cmd-Q o Menú Principal / TextEdit / Salir o Haga clic derecho en el icono del dock de TextEdit y elija Salir.