Numbers ’09 admite el formato nativo de Excel (.xls) pero no puede convertir una Hoja de Cálculo XML de Excel. De hecho, si cambias el nombre a "xls" e intentas abrirlo (tratando de engañar a Numbers), probablemente solo verás todo el XML pero no la hoja de cálculo real. Lo cual es más aterrador que Psicosis II en los años 80.
Tu única opción es algún formato CVS o TEXT, que Excel incluso puede exportar con formato de Macintosh para saltos de línea y retorno de carro (si no me equivoco).
La gran desventaja es que todo el formato y cosas binarias se pierden automáticamente en la traducción (juego de palabras intencionado). ;)
Obtendrás los datos, pero no el formato.
Otra alternativa es intentar automatizar la conversión del formato Excel XML al formato nativo de Excel, incluso si tu aplicación web produce un XML, podrías intentar "transformarlos" antes que nada.
Para eso, no he investigado pero puedes empezar con una búsqueda en Google como esta. Parece que hay algunas soluciones para Windows, tal vez algo que puedas usar/intentar.
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¿Cuál es el formato de archivo resultante—.xml? ¿Has intentado una importación, y si es así, cuáles fueron los resultados?
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El formato resultante es .xls, simplemente porque lo fuerzo a que se muestre de esa manera para que las asociaciones de archivos funcionen. Ya que la mayoría de usuarios simplemente se asustan con un .xml y el visor nativo.