Tus tres preguntas sobre ~/Sites:
¿Cuál es el propósito previsto de esta carpeta?
macOS incluye el servidor web Apache (deshabilitado de forma predeterminada) y ~/Sites es la ubicación predeterminada para cualquier sitio web. También uso la mía para almacenar sitios web que no utilizan un servidor web, sino que se acceden directamente desde Finder.
¿Hay alguna manera segura para que la elimine?
Estás teniendo dificultades para eliminarlo porque tiene una Lista de Control de Acceso (ACL) con una entrada que deniega la eliminación. El comando ls -le ~ muestra que mi ~/Sites tiene una ACL con solo una Entrada de Control de Acceso (ACE) 0: group:everyone deny delete.
Por lo tanto, antes de eliminarlo, debes eliminar la ACL. Creo que esta antigua pregunta y respuesta todavía son correctas https://superuser.com/questions/299758/what-is-the-mac-terminal-command-to-remove-acl
Utiliza el chmod -N ~/Sites para eliminar completamente la ACL. Pero primero lee el man chmod que describe la configuración y manipulación de las ACL y sus ACEs.
Si no puedo eliminarlo, ¿puedo usarlo para almacenar cualquier tipo de archivos que desee?
Aunque puedes eliminarlo, puedes conservarlo y usarlo para almacenar cualquier cosa que desees.
En caso de que en el futuro decidas habilitar el servidor web Apache, el contenido de ~/Sites se volvería visible. Eso podría ser una razón suficiente para no usarlo para tus archivos sin pensarlo primero.
