MacOS muestra la alerta "Esta aplicación está dañada" cuando la firma digital es inválida. Esto suele ocurrir si el archivo ha sido modificado de alguna manera después de firmarlo; pero también podría ser un problema con el certificado utilizado para firmar la aplicación. (Por ejemplo, caducado o retirado.)
Deberías intentar descargar la aplicación nuevamente; y si eso falla, contactar a los desarrolladores.
Este es un problema diferente de una bandera de cuarentena, que generalmente solo alerta al usuario de que la aplicación ha sido descargada recientemente y es de un desarrollador desconocido: pero normalmente aún se le da la posibilidad de abrirla.
Si borrar la bandera de cuarentena realmente lo solucionó, entonces bien podría ser un error, y deberías reportarlo a Apple.