MacOS muestra la alerta "Esta aplicación está dañada" cuando la firma digital es inválida. Esto suele suceder si el archivo ha sido modificado de alguna manera después de firmarse; pero también podría ser un problema con el certificado utilizado para firmar la aplicación. (Por ejemplo, caducado, revocado.)
Deberías intentar descargar la aplicación nuevamente; y si eso falla, contacta a los desarrolladores.
Este es un problema distinto a una bandera de cuarentena, que normalmente solo alerta al usuario de que la aplicación ha sido descargada recientemente y es de un desarrollador desconocido: pero normalmente todavía se te da la posibilidad de abrirla.
Si eliminar la bandera de cuarentena realmente lo arregló, entonces bien podría ser un error, y deberías reportarlo a Apple.