Mensaje de error de Brew doctor - advertencias y archivos de encabezado inesperados

Sería una buena idea averiguar dónde se está estableciendo el PATH. Con zsh podrías- setopt extended_glob; grep -His 'path' .z*[^history] .

Como sugiere la salida, ejecuta

echo 'export PATH="/usr/local/bin:$PATH"' >> ~/.zshrc

y eso debería solucionar el último aviso en los mensajes, relacionado con los problemas de /usr/local/bin.

La primera parte de los mensajes, relacionada con /usr/local/include, es un poco más complicada, consulta esta respuesta a Brew doctor - "warning: unbrewed header files were found in /usr/local/include"?

¿Reconoces alguno de los archivos include? Algunos de ellos parecen estar relacionados con Tcl/Tk o SQL. Algunos paquetes - que podrías haber instalado fuera de homebrew - podrían depender de ellos. Quizás los dejes en su lugar hasta que ocurran problemas (durante una instalación de brew), y luego los elimines, si es necesario.

Respuesta actualizada

Dado que mencionas que ahora has eliminado los otros paquetes y tus mensajes de advertencia han cambiado, entonces (como sugiere la salida) ahora necesitas ejecutar

brew install openssl@3 pydocstyle python@3.11

También podrías ejecutar

brew missing

como también sugiere la salida.