Problemas con Python en MacOS Ventura

Mencionaste que usas brew. Yo empezaría por ejecutar brew doctor y leer sus sugerencias. Debería descubrir lo suficiente para darte pasos sobre cómo reinstalar completamente las herramientas de xcode (si recuerdo correctamente, te dan instrucciones sobre cómo eliminar la instalación existente). Las herramientas de xcode vienen con una copia de python (ya que Apple dejó de instalar python por defecto en macOS 12).

Si eso no resuelve tu problema, podría ser debido a un código obsoleto en tus archivos ~/.zprofile o ~/.zshrc, como entradas de ruta que deberían ser eliminadas o cambiadas. Fuera de eso, podrían ser enlaces simbólicos rotos que necesitan ser eliminados o actualizados.

Un programa que recomiendo altamente para manejar todas las diferentes versiones de python es pyenv

Ese enlace lo describe mejor de lo que yo puedo y provee instrucciones para instalarlo (utiliza brew, y luego editas tus archivos .z*). Una vez instalado, puedes usarlo para cambiar la versión por defecto de python e incluso instalar versiones adicionales.

Pyarhm es un tema diferente -- Con suerte tu problema se solucionará con los pasos anteriores y que tus proyectos no estén afectados esperando que python exista en lugares en código duro que ya no existen. Conda se supone que te protege contra eso, así que cruzo los dedos por ti! :)

Una nota final -- las aplicaciones ejecutadas desde el dock solo conocen el contenido en ~/.zprofile -- si hiciste modificaciones allí, que yo sepa, la única forma de actualizar eso a nivel de sistema es cerrar sesión y luego volver a iniciar sesión.

De lo contrario, desde la terminal, puedes usar source ~/.zprofile y/o source ~/.zshrc para aplicar configuraciones actualizadas.

Python y pip no se encuentran es bueno - lo que ha sucedido aquí es que estos son para python 2 que llegó a su fin de vida en 2020 y Apple los ha eliminado.

Entonces ahora necesitas usar python3 y pip3 en todas partes, y creo que eso soluciona tus problemas.

Al usar Pycharm, etc., solo necesitarás volver a seleccionar tu intérprete de python, creo que esto puede ser global o por proyecto - los de proyecto deben usar conda o virtualenv.

El error de Xcode-select sugiere que las herramientas de línea de comandos de Xcode no están instaladas, por lo que necesitas reinstalarlas. Esto te dará un /usr/bin/python3

Sospecho que otros problemas vienen de /usr/local/bin/pip - sospecho que esto es de homebrew. Si es así, desinstala python de homebrew (de nuevo, creo que esto es python 2)

Si también tienes python de macports, desinstala uno de los dos - macports no soporta oficialmente tener ambos - a veces funciona pero tendrás que depurar los problemas por tu propia cuenta y tu pregunta muestra que no tienes suficiente conocimiento para hacerlo.

Tu python3 actual se puede arreglar editando tus archivos de shell