Cambiar las preferencias del Centro de Notificaciones programáticamente o desde la línea de comandos

Sí, el nombre del archivo es /Usuarios//Biblioteca/Preferencias/com.apple.ncprefs.plist puedes modificar el valor de flags para tu aplicación en ese archivo a "Mostrar notificaciones en la pantalla de bloqueo" o "Mostrar en el Centro de Notificaciones".

El archivo está en formato binario plist. Puedes convertirlo a formato xml para observar los valores de las banderas. Utiliza el siguiente comando:

plutil -convert xml1 "/Usuarios//Biblioteca/Preferencias/com.apple.ncprefs.plist"

Cambia la configuración desde las Preferencias del Sistema y observa el valor deseado y luego configúralo programáticamente utilizando PlistBuddy

Te proporciono un código de muestra para activar las notificaciones para tu aplicación de forma forzada

#!/bin/sh
notification_plist="/Usuarios/$usuario/Biblioteca/Preferencias/com.apple.ncprefs.plist"

#Conteo de los paquetes existentes en el plist
count=$(/usr/libexec/PlistBuddy -c "Print :apps" "${notification_plist}" | grep -c "bundle-id")

for ((index=1; index<"${count}"; index++)); do
    bundle_id=$(/usr/libexec/PlistBuddy -c "Print apps:${index}:bundle-id" "${notification_plist}");
            if [[ "${bundle_id}" ==  ]]; then
                    flags_value=$(/usr/libexec/PlistBuddy -c "Print apps:${index}:flags" "${notification_plist}");
                    echo $flags_value $index

                    if [[ $flags_value == 276* ]]; then
                        /usr/libexec/PlistBuddy -c "Set :apps:${index}:flags 41951246" "${notification_plist}"
                    fi
            fi
done

# Reiniciar el centro de notificaciones para que los cambios surtan efecto.
killall sighup usernoted

Nota: Necesitas reiniciar el servicio binario usernoted para que los cambios surtan efecto, simplemente mátalo y macOS lo reiniciará inmediatamente. La solución ha sido probada en macOS Big Sur y Monterey.