Posible solución: Agrega la carpeta principal a tu barra lateral del Finder.
Más información: Tuve un problema muy similar al que describiste. Después de actualizar recientemente mi iMac de 2019 a Sonoma (saltándome algunas versiones de SO), tenía algunos alias en mi escritorio a varias carpetas. Al hacer doble clic en esos alias, se abría la carpeta correcta para algunos, pero abría mi carpeta de usuario para otros. Después de mucha búsqueda y pruebas, pude identificar el problema que estaba experimentando y encontré que era bastante específico, lo que dificultaba que el soporte externo recreara el problema. Según otro post que encontré en los foros comunitarios de Apple, me di cuenta de que este error solo aparecía al usar la vista de Columnas del Finder. Si cambiaba a vista de Lista, Iconos o Galería, cerraba la ventana del Finder y luego volvía a abrir el alias, funcionaba correctamente. Pero yo soy un usuario acérrimo de la vista de Columnas, por lo que esta no era una gran solución para mí. Y si cambias de vista a menudo, puede dar la impresión de "¡Se ha solucionado solo!" y al día siguiente vuelve a estar roto. Vi esto en un par de otros posts sobre el problema.
Comparé los alias que tenía con otras carpetas que sí funcionaban incluso en vista de Columnas y después de hacer más pruebas, descubrí que esto solo afectaba a los alias que apuntaban a cualquier carpeta dentro de mi carpeta ~/Documentos. Es posible que este error pueda afectar a otras carpetas especiales como esta, en caso de que tus alias problemáticos no estuvieran apuntando a subcarpetas de Documentos. Al final encontré que el problema probablemente esté relacionado con tu barra lateral del Finder. He personalizado y reducido la mía durante años a solo unas pocas carpetas, como Dropbox, mi carpeta de usuario y algunas carpetas de desarrollo a las que accedo con frecuencia. Pero si agregaba la carpeta ~/Documentos de nuevo a mi barra lateral, todos mis alias de Escritorio a subcarpetas de Documentos funcionaban, incluso en vista de Columnas.
Nuevamente, la aparentemente inconexa configuración de una barra lateral personalizada podría hacer que este error parezca imposible de recrear para el personal de Soporte. Y curiosamente, si no tienes tu carpeta de usuario en la barra lateral, hará que esa ventana predeterminada vuelva hasta la carpeta de tu disco duro. Esto me hace pensar que podría afectar a otras carpetas de "casos especiales".
Como nota al margen, intenté crear los alias arrastrando y soltando, a través del menú contextual (y luego moviendo el alias al escritorio) e incluso con enlaces simbólicos creados a través de Terminal. Todos tenían el mismo comportamiento y la misma solución funcionó para todos ellos.
Espero que esto te ayude a ti o a cualquier otra persona que pueda estar experimentando este error. Si alguien descubre algún otro detalle específico al respecto, por favor actualiza con los detalles que encuentres.