No esperaría que las preferencias tuvieran este retraso. Es mucho más probable que sean problemas de cable, tiempo de reacción lento por parte de las pantallas (ver si puedes arreglar su entrada y no hacer que escanee señales viables de todas las entradas) o el firmware de la pantalla y no el macOS el que está causando el retraso.
No puedo decirte cómo revisar y ver si se recuerdan las configuraciones, así que hasta que alguien más señale cómo se almacena todo esto, instalaría macOS en un disco externo y podrás arrancar desde un sistema 100% limpio y convencerte si esto es una configuración o simplemente la forma en que funcionan esas pantallas ahora.
Esa es mi recomendación para resolver esto ahora, al menos.
Si tienes una conexión super rápida en un sistema operativo nuevo, entonces será más imperativo conocer los detalles de cómo el sistema operativo rastrea las pantallas externas y mi intuición estaría equivocada.