Carpeta de proyectos de codificación encontrada en la Papelera seguida de una extraña marca de tiempo en MacOs

Una respuesta parcial explicando las marcas de tiempo:

Eliminar elementos a través del Finder hará que el elemento en la Papelera tenga una marca de tiempo añadida si un elemento con el mismo nombre ya existe en la Papelera. Una prueba rápida:

mkdir ~/test
cd ~/test
vim testfile.txt         # agregar algún texto

Eliminar ~/test/testfile.txt a través del Finder. Aparecerá en la Papelera con ese nombre.

Repita la edición / eliminación como se indicó anteriormente una vez más y encontrará que el segundo archivo eliminado tendrá una marca de tiempo de cuando lo eliminó. El archivo original testfile.txt mantendrá su nombre original en la Papelera.

En cuanto a lo que originalmente eliminó los archivos, podría haber sido hecho en uno de los IDEs que mencionas si utiliza APIs del Finder.