La forma más fácil de crear varias carpetas anidadas

• crear un archivo de texto con la lista de todos los directorios que se van a crear y guardarlo en un lugar conveniente

  foo foo/bar1 foo/bar2 bar bar/foo bar/bar bar/bar/foo

• crear el directorio principal de un nuevo proyecto y cd en él

• ejecute mkdir -p $(< /path/to/textfilefromabove)

Por conveniencia, yo pondría esto en un shell script o función:

new_project() {
    # new_project [ -t template ] projectdir

    if [ "$1" == "-t" ]; then
        local _template="~/.templates/$2"
        shift 2
    else
        local _template=~/.templates/default
    fi

    if [ ! -r "$_template" ]; then
        echo "Template "$_template not found"
        exit 1
    fi

    mkdir -p "$1"
    cd "$1"
    mkdir -p $(< "$_template")
}

PD: Técnicamente, el archivo de plantilla sólo necesitaría listar las rutas de las hojas, todos los directorios intermedios se crearían automáticamente.