Sí, en primera aproximación son iguales, pero el mecanismo de la actualización es diferente ya que una puede ser una actualización delta y autoaplicada y la otra instala una compilación completa en lugar de parchear el sistema operativo.
Profundizando, la actualización OTA implica que el sistema operativo y el dispositivo están funcionando correctamente, por lo que Finder o iTunes son una buena opción si realmente deseas asegurar que la actualización se realice correctamente o si deseas poner el dispositivo en modo de recuperación para garantizar que el nuevo sistema operativo y solo el nuevo sistema operativo se escriban. Obviamente, si el dispositivo está teniendo problemas, es posible que optes por usar una computadora para controlar la actualización en lugar de esperar que el dispositivo organice, instale y realice la limpieza del parche correctamente.
Suponiendo que tu dispositivo esté funcionando bien, puedes actualizar de forma segura OTA y en muchos casos, la descarga es una actualización delta que es más pequeña que la imagen completa si estás realizando una actualización que no es de una versión principal (4.0 o 5.0 que iniciaron las capacidades OTA y presumiblemente 6.0 cuando se lance).
Usar Finder o iTunes también te da la oportunidad de transferir compras y reducir el número de aplicaciones que tendrás que volver a descargar después de una actualización importante. Nuevamente, no es un problema en actualizaciones incrementales como la actualización 5.1.1 de 5.1.
En la práctica, incluso se ha señalado como un factor determinante para el jailbreak que se lanzó por primera vez para iOS 7 donde las notas indicaban que el exploit no funcionaría contra un dispositivo iOS 7 OTA, y solo contra un dispositivo restaurado limpiamente. No sé si tiene que ver con la clave de firma o una diferencia real en las dos imágenes, pero muestra que los procesos son efectivamente diferentes en algunos aspectos.
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Mencionaste que eliminaste tu carpeta de Música. ¿Lo hiciste después de hacer el JailBreak, o simplemente lo hiciste con una herramienta similar a i-funbox.com?
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Creo que lo hice con iExplorer. Pero tengo el dispositivo con jailbreak. Es posible que en realidad lo haya hecho desde Mobile Terminal. Me olvidé jaja.
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Las actualizaciones OTA no funcionan con dispositivos con JailBreak (incluso si deseas deshacer el JailBreak de tu dispositivo). Debes usar iTunes.