No se pueden abrir archivos PDF tras la actualización

Tras actualizar a macOS 11.7.6 (y a la efímera versión anterior) no puedo abrir la mayoría de mis PDF a través del finder o con el botón open mando. Cuando hago doble clic en el archivo, se abre la aplicación solicitada (vista previa/skim) pero no se muestra ningún documento. Sin embargo, si salgo y reinicio la aplicación y utilizo el comando file -> open se puede visualizar el documento.

No había problemas antes de la actualización. ¿Cómo puedo solucionar este problema? ¿Cómo se puede solucionar?

Actualización 1: Cuando intento abrir un PDF, la consola da este tipo de mensajes de error:

error   containermanagerd   failed to read /Library/Preferences/Logging/com.apple.diagnosticd.filter.plist: [1: Operation not permitted]
error   containermanagerd   failed to read /Library/Preferences/Logging/com.apple.diagnosticd.filter.plist: [1: Operation not permitted]
error   kernel  Sandbox: ContextStoreAgen(435) deny(1) mach-lookup com.apple.ocspd
error   containermanagerd   failed to read /Library/Preferences/Logging/com.apple.diagnosticd.filter.plist: [1: Operation not permitted]
error   containermanagerd   failed to read /Library/Preferences/Logging/com.apple.diagnosticd.filter.plist: [1: Operation not permitted]
error   containermanagerd   [0] command=0, client=<<~~~>, u=<0/0/~~/2/0>, uid=0, pid=378, sandboxed=0, platform=1>, error=21 (CONTAINER_NOT_FOUND)
...
error   accountsd   "Cannot check access to a private account type: (null)"
error   containermanagerd   [0] command=0, client=<<~~~>, u=<0/0/~~/2/0>, uid=0, pid=378, sandboxed=0, platform=1>, error=21 (CONTAINER_NOT_FOUND)
error   containermanagerd   [0] command=0, client=<<~~~>, u=<0/0/~~/2/0>, uid=0, pid=378, sandboxed=0, platform=1>, error=21 (CONTAINER_NOT_FOUND)
...
error   Skim    MTLIOAccelDevice bad MetalPluginClassName property (null)
error   Skim    +[MTLIOAccelDevice registerDevices]: Zero Metal services found

Actualización 2&3:

• Crear una cuenta nueva y descargar un archivo funciona.
• Descargar el mismo archivo en una carpeta diferente de mi antigua cuenta funciona.
• Descargar y sobrescribir el mismo archivo en la antigua carpeta de mi antigua cuenta da como resultado un archivo que no se puede abrir.
• ~/Documents funciona. De hecho, todas las subcarpetas hasta ~/Documents/work/articles/2023 funciona, pero ~/Documents/work/articles/2023/DÄ no funciona.