¿La restauración desde Time Machine también restaura las aplicaciones instaladas?

Sí, si no ha excluido el /Applications de las copias de seguridad de Time Machine.

En cuanto a los parches del sistema, estás instalando un nuevo sistema operativo. Una vez que termines, carga el Software Update y te sacará la actualización combinada más reciente. En realidad, es mejor usar la actualización combinada que una colección de parches que tendrías de otra manera.

Para más información, visite Preferencias del Sistema → Time Machine → Opciones . Te dirá lo que has excluido, si es que lo has hecho.

No. Mientras tengas espacio suficiente, estarás bien. No es necesario que sea una unidad idéntica.