¿Puede Time Machine hacer una copia de seguridad de diferentes datos (o diferentes listas de exclusión) en diferentes unidades?

La respuesta corta es no, pero aquí se explica por qué y cómo funcionan las exclusiones cuando se eligen reglas diferentes para dos cuentas.

Tanto si tienes un destino de copia de seguridad como si tienes dos, las reglas para múltiples usuarios consisten en combinar las exclusiones de cada usuario con las exclusiones del sistema, de manera que cada usuario puede excluir cosas diferentes, pero no hay un mecanismo de "inclusión" para volver a añadir algo que otro usuario ha denegado.

Hay un buen artículo sobre tener múltiples usuarios y entra en más detalles sobre la configuración de múltiples listas de exclusión:

• http://pondini.org/TM/10.html

No va a ahorrar tiempo o espacio de copia de seguridad como pediste, pero tal vez las unidades pueden ser más grandes y podrías tener ambas unidades con el mismo contenido ya que las actualizaciones incrementales significan que a menos que un archivo cambie, sólo se copia una vez a cada destino, acelerando las copias de seguridad para las siguientes copias de seguridad en cada unidad individual cuando está conectada.

Sacar una unidad de la rotación con dos funciona bien, ya que el sistema simplemente continúa con la unidad conectada y luego, cuando la unidad más desfasada se monta de nuevo, una de las dos siguientes copias de seguridad la pondrá al día con todos los cambios desde que se montó por última vez durante una copia de seguridad.