Bueno, existe la forma AppleScript:
set inpath1 to quoted form of "/Users/user1/Dropbox/z_Scripts/ex1.pdf"
set inpath2 to quoted form of "/Users/user1/Dropbox/z_Scripts/ex2.pdf"
do shell script quoted form of "/System/Library/Automator/Combine PDF Pages.action/Contents/MacOS/join" & " -o output " & inpath1 & " " & inpath2
El comando ejecutado por bash para el script anterior es:
'/System/Library/Automator/Combine PDF Pages.action/Contents/MacOS/join' -o output '/Users/user1/Dropbox/z_Scripts/ex1.pdf' '/Users/user1/Dropbox/z_Scripts/ex2.pdf'
Sin embargo, la forma en la que interpreto tu pregunta me lleva a pensar que quieres esto:
on quotedform from s
do shell script "printf '%q' " & quoted form of s
end quotedform
set inpath1 to quotedform from "/Users/user1/Dropbox/z_Scripts/ex1.pdf"
set inpath2 to quotedform from "/Users/user1/Dropbox/z_Scripts/ex2.pdf"
set z to (quotedform from "/System/Library/Automator/Combine PDF Pages.action/Contents/MacOS/join") & " -o output " & inpath1 & " " & inpath2
El comando ejecutado por bash para el script anterior es:
/System/Library/Automator/Combine\ PDF\ Pages.action/Contents/MacOS/join -o output /Users/user1/Dropbox/z_Scripts/ex1.pdf /Users/user1/Dropbox/z_Scripts/ex2.pdf
Creo que utilizar quoted form of solo sería más seguro. Imagino que hay situaciones en las que quotedform from podría fallar.
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Esto se debe a que agregar una barra invertida en medio de una cadena allí corta la cadena en donde se encuentra la barra invertida.
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¿Cuál es el error dado?
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Esto se siente como un Problema XY ¿Qué es lo que estás intentando hacer? Presumiblemente tu acción se llama 'Combina PDF Pages.action' y no 'Combine\ PDF\ Pages.action' por lo que tus escapes ya están allí.