Windows

Según AnandTech :

Windows 7 por defecto se inicia a 800 x 600 en el Retina MBP, Windows 8 por defecto a 1024 x 768. Este comportamiento no es específico de este sistema, el La GeForce GT 650M no es compatible con los controladores nativos de ninguno de los dos sistemas operativos. y estos son los valores predeterminados para el controlador VGA estándar en ambos casos.

Windows 7 no expondrá ninguna resolución superior a 1600 x 1200 sin un controlador NVIDIA real, mientras que Windows 8 le permitirá seleccionar la resolución completa del panel de 2880 x 1800 .

Este es un informe sobre Windows a través de bootcamp. No sé en qué se diferencia esto de que Windows se utilice en una máquina virtual. Probablemente también dependería de las opciones que ofrece el software de la VM.

Linux

Al utilizar los controladores NVIDIA en Linux (y también en Windows) puedes seleccionar la resolución nativa completa del panel (2880x1800). También puedes seleccionar cualquiera de las resoluciones escaladas que no se ven tan nítidas. En general, correr con la resolución nativa es menos problemático en Linux que en Windows y OS X debido a la forma en que está diseñado. No hay fuentes borrosas en las aplicaciones de terceros como en OS X y es más fácil configurar el DPI para que las aplicaciones se escalen correctamente que en Windows (se configura automáticamente en Linux).