Existen dos tipos de conchas: interactivas y no interactivas. Se comportan tal y como se describen: de forma interactiva y no interactiva.
Si estableces tu ruta en .zprofile, por ejemplo, cualquier cosa que hagas en Terminal tendrá la ruta que estableciste. Sin embargo, un shell no interactivo (como cuando se ejecuta desde Automator) no leerá .zprofile por lo que cualquier variable como PATH no se establecerá. Sugiero usar .zshenv o establecer la ruta manualmente en tu shell script.
Véase ZSH: .zprofile, .zshrc, .zlogin - ¿Qué va dónde? para una descripción completa de qué debe ir dónde al establecer rutas.