¿Debo dejar de usar mi Mac mientras se clona el disco duro?

No sé si esto se aplica a SuperDuper!, pero aquí hay una entrada de KB de Sitio web de Carbon Copy Cloner :

¿Puedo realizar una copia de seguridad mientras utilizo mi ordenador? Si tengo archivos abiertos, ¿se hará una copia de seguridad de ellos?

Sí y no, realmente depende. El rendimiento se verá afectado durante el clon (especialmente el primero) ya que CCC lee todo el volumen de origen y escribe en el volumen de destino. Si tu trabajo está "ligado al disco", es decir, tus aplicaciones están leyendo o escribiendo en el origen o en el destino, entonces notarás un impacto en el rendimiento. Si sólo estás leyendo el correo electrónico o escribiendo un documento de Pages, probablemente no notarás el impacto en el rendimiento.

Otra cosa que hay que tener en cuenta es que afecta a la precisión de la tarea de copia de seguridad. Normalmente está bien trabajar desde el volumen de origen mientras lo copias, entendiendo que si CCC copió un archivo, luego lo abres, haces cambios, lo guardas, y luego CCC completa la tarea de copia de seguridad, la versión modificada de tu documento no se respalda (esta vez). Normalmente esto no es un gran problema, las modificaciones se copiarán la próxima vez que se ejecute la tarea de copia de seguridad. Sin embargo, lo más importante es que si está trabajando con archivos de gran tamaño (imagen de disco montada, base de datos de correo electrónico de Entourage, contenedor de VMWare/Parallels) durante la operación de copia de seguridad, es posible que esos archivos de gran tamaño se modifiquen mientras CCC realiza la copia de seguridad de ese archivo. Esto no afectará al archivo de origen, pero hay muchas posibilidades de que la versión de la copia de seguridad de ese archivo esté corrupta. Por esta razón es una buena idea dejar de utilizar aplicaciones que puedan estar modificando archivos grandes.