Yo también tuve el problema de reindexación después de actualizar a Lion. Sin embargo, el problema no existía para todos los usuarios, sólo para el que utilizaba FileVault 1.
Después de unas semanas conseguí en frustrado y corrió †
$ sudo mdutil -a -i off
en el Terminal - y en el mismo minuto me di cuenta de que la configuración se aplicaba a todo el sistema. Me encogí de hombros y disfruté de unas horas de sesión sin reindexación, después de lo cual decidí volver a activar Spotlight, ya que es crucial para mi flujo de trabajo en otras cuentas de usuario; así que:
$ sudo mdutil -a -i on
Y de paso, decidí borrar el índice antiguo y reconstruir el nuevo desde cero con:
$ sudo mdutil -aE
Lo hice hace un mes y no he vuelto a encontrarme con una reindexación "inútil". Estoy felizmente sorprendido porque arreglar el problema fue una mera coincidencia.
Así que, ¿has probado a apagarlo y encenderlo de nuevo?
†) el -a
aplicará la acción a todos los volúmenes lo cual puede no ser algo que usted quiera - y en realidad tampoco era lo que yo quería, pero sólo quería ir a la ofensiva en el tema.