¿Cómo puedo sustituir el icono de Mac Mail en Mac OS X 10.11 El Capitan?

Tendrás que desactivar la nueva función de rootless en EC que te impide modificar una aplicación nativa del sistema, como ésta. Después, deberías poder modificar los permisos de Todos a Lectura y Escritura, en lugar de Personalizados. Entonces tu truco de "arrastrarlo" funcionará :) No olvides volver a activar el rootless después, es la mayor ventaja de actualizar a EC, IMHO.

Una solución parcial, que descubrí por accidente: Antes de actualizar a El Capitán, pega el icono que quieras en el panel "Obtener información" de la aplicación Mail. Luego haz un alias de Mail.

Cuando se produzca la actualización, el programa Mail tendrá su icono cambiado pero el alias no. Puedes entonces poner el alias en el Dock o en cualquier lugar que quieras. El sistema operativo le permite incluso ponerlo en la sección de "programas" del Dock, donde parece funcionar exactamente como un programa (es decir, no aparece un segundo icono cuando se ejecuta el programa a través de su alias).

Lo descubrí porque casualmente hice un alias de correo bajo Josemite, y vi que conservaba su icono personalizado (a través de la actualización). Traté de hacer lo mismo después de la actualización a El Capitán, pero descubrí que el nuevo sistema operativo impone el SIP en los alias también, por lo que si intenta cambiar el icono después de la actualización será, por desgracia, volver al sello azul estándar.

Hay una manera más fácil, descargar una aplicación llamada "Liteicon" se puede obtener de softonic su fiable lo usé. Después de descargarla ábrela y vete a aplicaciones, pon el icono que quieras en lugar del icono del correo y haz clic en aplicar cambios y reinicia tu portátil, entonces verás que ha cambiado.