¿Cómo puedo recuperar el icono de la barra de menús de una aplicación de agente?

En general, y especialmente si la aplicación no es autónoma en el sandbox de aplicaciones, también se debe eliminar su archivo de preferencias, que normalmente se encuentra en ~/Library/Preferences/ . Buscar el nombre de la aplicación en esa carpeta en muchos casos arroja un resultado.

Si hubiera sido autónomo, la aplicación habría tenido un contenedor en...

~/Library/Containers/

o

~/Library/Group Containers/

...que incluiría dentro su archivo de Preferencias. En este caso se podría eliminar todo el contenedor.

Elimine el archivo .plist y reinicie, o consulte también aquí: Recargar plist del sistema modificado

Otra forma de encontrar el nombre del plist:

a=$(defaults domains | sed 's/,/\\n/g'); printf "$a" | grep "Clipy"

En tu caso concreto, ha funcionado eliminar la tecla de la barra de menús del archivo de preferencias:

defaults delete com.clipy-app.Clipy kCPYPrefShowStatusItemKey

"kCPYPrefShowStatusItemKey" por defecto no está presente, a menos que uno cambie el icono de la barra de menú, o se ha establecido en 'ninguno'.

PS.Establecer el elemento de la barra de menús en "ninguno" implica que uno quiere utilizar únicamente las teclas de acceso directo para iniciar Windows como la ventana "historia", que incluye un enlace a "Preferencias" y por lo tanto una manera de cambiar el elemento de la barra de menús. Así que sería bueno recordarlas y asegurarse de que las teclas de acceso directo son funcionales.