Básicamente no se puede.
La solución más sencilla es crear un alias para Python. En tu archivo ~/.zprofile añade
alias python='/usr/bin/python3'
Esto significa que cuando escribes Python obtienes python3. Sin embargo no puedes ejecutar un script de Python con #! /usr/bin/env python
como la primera línea, que creo que es bueno como usted debe hacer que explícitamente python3.
Sin embargo, si usted está utilizando Python en gran medida entonces la opinión general es no utilizar Python de Apple, sino instalarlo desde otro lugar. Yo recomendaría desde conda (o pagar por anaconda si lo hace profesionalmente) o de Python.org . Alternativamente a través de un gestor de paquetes, por ejemplo MacPorts, Homebrew nix.
La razón por la que no se puede cambiar o añadir cosas en /usr/bin en la versión moderna de MacOS es que Apple pone la mayor parte del sistema en un volumen separado en el que no se puede escribir y para hacer cumplir que también comprueba que no ha sido alterado.