Es una forma estándar de almacenar muchos archivos en un sistema de archivos. El problema es mantener bajo el número de archivos en un directorio, ya que el código de bajo nivel para encontrar un archivo en un directorio mira cada entrada en el directorio en un orden lineal, por lo que la velocidad de encontrar el archivo es proporcional al número de archivos en el directorio.
La forma en que se dividen los archivos entre los directorios depende de la aplicación y no hay forma de ver sólo desde el sistema de archivos o el Finder dónde irá un archivo individual. Por lo tanto, los archivos sólo son accesibles por la aplicación que los escribe.
En este caso parece que a cada mensaje se le asigna un identificador que se incrementa en uno por cada nuevo mensaje. Esto es razonablemente común para los clientes de correo Unix y nntp. Otras aplicaciones, por ejemplo, los mensajes que almacenan archivos adjuntos, generan hashs para que los directorios no se incrementen en uno por cada nuevo archivo adjunto, esto mejora la propagación de las cosas en diferentes directorios.