Puede evitar que las aplicaciones de su unidad externa aparezcan en el menú Abrir con impidiendo que Spotlight indexe la unidad.
Para ello, navegue hasta Preferencias del Sistema > Spotlight . Seleccione el Privacidad y añada su unidad externa a la lista. Mutineer en la captura de pantalla de abajo es mi unidad de clonación SuperDuper.
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Actualización: Mi mejor recuerdo es que esto fue todo lo que hice para solucionar el problema, pero si el problema persiste, dos pasos adicionales puede ser necesario:
Hacer que los Servicios de Lanzamiento recarguen la lista de aplicaciones disponibles con el comando /System/Library/Frameworks/CoreServices.framework/Versions/A/Frameworks/LaunchServices.framework/Versions/A/Support/lsregister -kill -r -all local,system,user. Como las aplicaciones de la segunda unidad ya no están disponibles a través de Spotlight, la nueva base de datos sólo contendrá las de tu unidad principal.
Reiniciar Finder para reconstruir su menú contextual Abrir con (Opción-clic derecho en su icono del Dock para obtener la opción de reiniciar, o hacer killall Finder en Terminal).
Crédito a @kopischke por proporcionar esta respuesta concisa en SuperUser.
Si quieres evitar los conjuros terminales, puedes utilizar Onyx para reconstruir el índice de spotlight y lanzar la base de datos de servicios.
