MacOS: ¿Cómo puedo hacer doble clic en un archivo y mostrar la salida de un comando de CLI en el archivo?

Si tu aplicación es en realidad solo un script de shell, no necesitas el comando open para ejecutarlo. Simplemente ejecuta el script de shell usando ./RUTA_AL_SCRIPT - en tu caso, esto sería ./MyApp.app/MyApp, si seguiste el nombre sugerido en el hilo vinculado. A partir de ahí, puedes redirigir o canalizar la salida como lo haces con cualquier otro comando de shell.

Sin embargo, si tienes que usar el comando open: Parece que hay un argumento --stdout, que podría resolver tu problema. Desde man open:

--stdout RUTA
    Lanza la aplicación con stdout conectado a RUTA.

Edit

La edición de tu pregunta cambia mucho: Quieres iniciar la Aplicación/Script a través de Finder, pero luego ver la "Salida de Terminal".

Puedes, por ejemplo, usar AppleScript para mostrar una notificación o diálogo que contenga la salida de tu aplicación (dependiendo de cuánto texto sea). Esto se puede hacer usando el comando osascript -e '[COMANDOS_DE_APPLESCRIPT]'. Por ejemplo, osascript -e 'display dialog "Texto de Ejemplo"' mostrará una pequeña ventana emergente que contiene "Texto de Ejemplo" y botones Ok/Cancelar. Más información sobre diálogos se puede encontrar, por ejemplo, aquí.

Para que esto funcione, debes redirigir la salida de los comandos en tu script a una variable, esto se puede hacer, por ejemplo, con miVariable=$(...comando original...)

Abandonando la idea de convertir un script de shell en una aplicación, adopté la idea de @JLubberger de usar un AppleScript. Lo mejor que he logrado hasta ahora es

on open filename
    tell application "Terminal"
        do script "ncdump -h " & quoted form of POSIX path of filename & " 2>&1"
        activate
    end tell
end open

y exportar esto como una aplicación.

Luego, abre un archivo netCDF con esta aplicación, lo cual lanzará Terminal, que mostrará la salida del comando "ncdump -h filename".

Un aspecto insatisfactorio de esta solución es que Terminal muestra salidas adicionales. Preferiría tener una ventana que solo muestre la salida del comando. Esto sería un enfoque diferente porque tendría que encontrar una forma de ejecutar el comando desde el script y enviar su salida a una ventana GUI. En contraste, el script anterior le pide a Terminal tanto que ejecute el comando como que muestre su salida.