¿Cómo puedo mover Facetime y otras aplicaciones a diferentes directorios?

Un consejo sencillo: no intentes organizar la carpeta de aplicaciones.

MacOS dispone de métodos de protección para evitar que esto ocurra, como has podido comprobar de primera mano.

Si quieres crear algo de orden en el caos que crees que existe, crea alias de las aplicaciones que quieres organizar conceptualmente, luego pon los alias en carpetas, (quizás en ~/Documentos,) con títulos conceptuales, por último arrastra las carpetas al Dock para un fácil acceso.

Yo también creé las carpetas conceptuales con iconos conceptuales, hace años, utilizando una aplicación que se ha quedado en el camino. Ni siquiera recuerdo su nombre. Siempre puedes usar la opción de Dock "Mostrar como pila", también.

Yo mismo lo hago para varias agrupaciones conceptuales: Final Cut Pro, Compressor, Logic Pro X, Motion en una carpeta para las aplicaciones creativas de Apple; InDesign, Photoshop, Acrobat para las aplicaciones de Adobe, etc.

Esto me ha funcionado de maravilla durante más de 15 años.

Puedes organizar las aplicaciones en tu carpeta de inicio y no en la carpeta del sistema. Si no puedes usar LaunchPad para organizar tus apps hay otros métodos para Finder.

• https://support.apple.com/en-us/HT202635

Actualiza tu barra lateral para que contenga la carpeta de aplicaciones que prefieras de un lanzador o la búsqueda inteligente no funciona.

Podrías etiquetar cada aplicación que quieras ver con una etiqueta de tu elección y luego usarlas como favoritas del dock y de la barra lateral del buscador.

• https://support.apple.com/guide/mac-help/create-or-change-a-smart-folder-on-mac-mchlp2804/mac

Esto funciona en todas las versiones recientes de MacOS, incluidas las que tienen un volumen del sistema sellado lo que hace que el tiempo y el riesgo sean prohibitivos para la mayoría manipular / cambiar o borrar el sistema aplicaciones.